蕭從他已經得到的那些推論中，進行了衍生分析，而分析的結果讓他自己都覺得吃驚，不過排除掉一切的不可能之后，剩余的那個可能性無論有多么的小，也是最終的答案，那個答案很可能是驚人的……
正因為如此，所以蕭才有信心可以坑死阿星，當然了，前提是他的信息并沒有被阿星給發現，若是被發現了，那就只能夠作罷。
所以當加持良治到來之后，蕭并沒有立刻要求跟隨加持良治去到聯合國軍隊中，而是繼續在原地等待，依照他的話來說，就是要看到eva初號機真正覺醒才會有下一步行動。
與此同時，在另一邊，碇真嗣駕駛的eva初號機漸漸壓制了eva三號機，在原動畫里，碇真嗣駕駛的eva初號機其實就是三臺eva中最強的，那怕明日香依靠自己的技術進行了彌補，但實際上這種差距依然存在，而此刻的碇真嗣，身體素質比動畫里的他強了許多許多，同步率也比動畫里高了許多，真正開始戰斗時，侵蝕了eva三號機的使徒根本不是他的對手，其實只要他愿意，可以很輕松的解決這個使徒。
只是碇真嗣心有〗︾，顧慮，所以才會漸漸的壓制，他還要小心保護使徒脖子后的插入栓，可以說幾乎就是束手束腳，不過好歹也算壓制住了，就等著他拔出插入栓，然后解決掉這個使徒了。
這是明眼人都可以看得出來的情景，而這時，在基地里的碇源堂卻忽然說道：“啟動傀儡系統。”
所有人都是愕然的看向了他，而碇源堂依然保持著那種冰冷的冷靜道：“啟動傀儡系統。”
“可，可是……碇君已經壓制了使徒……”啟動指令的人員頓時遲疑著說道。
這時葛城美里并不在這里，她在啟動現場受到了使徒的爆炸波動，雖然沒有生命危險，但是此刻依然還在昏迷之中，而整個基地里就沒有任何人敢與碇源堂爭執了，所以碇源堂第三次下令道：“速度太慢了，這是命令，啟動傀儡系統。”
“……是。”啟動指令的人員無可奈何，只能夠輸入了指令，啟動了eva初號機上面的傀儡系統。
傀儡系統一旦啟動，eva初號機的控制權就轉移到了傀儡系統中，本來碇真嗣正在小心翼翼的準備取下eva三號機脖子后的插入栓，猛然間，整個駕駛艙內一片紅暗色，他接著就發現他再也無法駕駛eva初號機了，而從他駕駛座背后就有一個奇怪的東西延伸了出來，扣住了他的操縱臺，并且遮擋住了他的視線。
“怎么了！？這是怎么了？”碇真嗣頓時驚慌的大聲叫喊了起來，他瘋狂的使徒拉動操縱臺，但是根本就是紋絲不動，他就大聲喊道：“爸爸，我在戰斗啊！我在戰斗啊！不要這樣，明日香還在插入栓里面啊！”
碇源堂冷冷的注視著畫面，一句話都沒有說出來，而在場所有人就看到畫面上，eva初號機猛的捏住了eva三號機的脖子，然后用力一扭，eva三號機就渾身軟倒了下來，這還沒完，eva初號機此刻仿佛是變成了野獸那樣，撲到地面上的eva三號機身上就開始瘋狂撕扯啃咬，直接就將eva三號機給解體了，這還不算，eva初號機甚至直接咬住了插入栓，就這樣用力擠壓，眼看著插入栓就要被擠壓爆時，碇真嗣終于最后絕望的大喊道：“羅杰大叔！幫幫我啊！”
“嗯……那是肯定的啊！”
就在eva初號機旁，一道空間漣漪出現，下一瞬間，羅杰從中閃現了出來，單單一拳打出，直接打在了eva初號機的臉部位置，啪的一聲，eva初號機大半邊臉都直接被打得了粉碎，而它嘴巴里叼著的插入栓也落到了地面上。
此刻在nerv總部里，碇源堂的表情依然沒有絲毫變化，只是生硬的說道：“把羅杰歸入使徒數據，然后……殲滅他。”
“這……”
這一下，不但是執行指令的人員，周圍所有人員都一齊看向了碇源堂，所有人都不敢相信的看向了他，完全不明白他為什么下達這個命令，也不明白他到底想要干什么，因為任何明眼人都可以看得非常清楚，使徒已經消滅，這時候那怕是接觸了傀儡系統也沒關系，而且最后的插入栓里還有明日香，剛才若非羅杰的阻擋，可能明日香已經死掉了，而現在碇源堂卻要連同羅杰一起干掉！？他瘋了嗎？
碇源堂冷冷的看著在場所有人，他依然冷淡無比的說道：“我不想每次命令都重復一遍，這是命令，你們只需要執行就是！”
“……是。”
指令被輸入到了電腦中，然后很快就傳遞到了初號機的傀儡系統里，所有人就見得初號機仰天吼了一聲，接著就瘋狂的又撲又咬又撞，企圖殺死浮在半空中的羅杰，但這真仿佛是大象打蚊子那樣，羅杰的靈敏度遠超過了初號機，而且又是懸浮在半空中，所以eva初號機根本就是無功而返，就只能夠徒勞的在那里到處亂砸亂吼。
而羅杰也沒有再繼續攻擊，只是快速的來到了插入栓旁，也沒直接打開插入栓的大門，而是將手放到了插入栓的金屬壁上，放了一秒不到，羅杰的臉色就變得了非常難看。
“怎，怎么了，羅杰大叔，你倒是說話啊！”
此刻的碇真嗣根本看不到外面，但是他敏銳的感覺到了不對勁，而且感覺非常不好，似乎有什么最重要的東西失去了一樣，而羅杰的話音就傳到了他耳邊。
“插入栓……里面沒有明日香，明日香已經不在了……”
“不，不可能……哈哈哈，羅杰大叔在開玩笑，是吧？你是在開玩笑的吧？怎么可能不在了，明日香明明登上了三號機，插入栓也完好，為什么不在了，怎么可能不在了……”
碇真嗣的聲音越來越小，他的頭越來越低，他想到了一種可能，那就是插入栓中的明日香，進入eva的程度太深，不單單是作為人的意識，甚至連形體都已經無法保持，就如同他的媽媽那樣……直接融入到了eva三號機中，而剛才……傀儡系統生生拆了eva三號機，這樣的事情，這樣的事情……
猛的，eva初號機停止了任何舉動，就這樣靜默在了原地，而羅杰則敏銳感覺到一股龐大無比的心靈之光從eva初號機身上爆發開來，這心靈之光量之龐大，甚至仿佛海洋一只壓迫了他的心靈之光，這是……
覺醒！eva初號機覺醒了！
碇真嗣猛的抬頭，他的雙目一片赤紅光芒，eva初號機身上也變得了赤紅，機體眼中光芒一閃，一道激光樣的波動直轟向了遠處的nerv總部，nerv地表上的金字塔建筑瞬間而已，直接被蒸發了！
“爸爸……”
“把明日香！還我！”