啟萬里緩緩地睜開了眼。
但是，他并沒有完全醒來。
從那段丟失了三世的記憶中，核心里的意識在他身上蘇醒開始，他的意識便由那段記憶中回歸到了自己的身體之中。
此時的他，處在一種半醒半睡的狀態中。
他有些茫然地向下方望去。
他沒有身體、并不存在，只有一團意識懸浮在高空中。
然后，看見了附身于“啟萬里”身上的核心意識，將小原拋到了一旁。
接著，他聽見核心意識喃喃著，聲音像是在他耳邊回蕩：“等等，我是誰呢？對……我來自遙遠的星系，我是這個世界中的第一個存在，文明的創造者，也是文明的終結者。我是光明的元始，也是黑暗的元終，我是……暗元。”
啟萬里仿佛一下子醒了過來。
他的意識猛然穿越無數年歲，進入了一片無法言說的虛空……
……
四十億年前。
原初的地球，熔巖密布，溫度極高，仿佛一個大火球，這時，天空中突然出現了一個小行星一般的巨大物體，它狀似圓球，藍黑相間，猛然穿越了大氣層，重重撞擊在地球上！
這一次撞擊掀起了無窮無盡的地震，但更重要的是，這個巨大圓球上似乎從宇宙中攜帶了大量的水元素，當它落入地球后，這些水元素在地球高溫的影響下，變成了密度極微小的水蒸氣，當時的地球表面有很強大引力，所以這些水蒸氣被封鎖在了地球的大氣層中，隨著時間的推移，地球開始了降溫階段，于是這些水蒸氣變成了水，形成了大規模暴雨。
這一場暴雨，持續了上百萬年。
在這一場大雨中，海洋逐漸形成。
而海洋形成的過程中，那個藍黑色的圓球，也開始了變化。
它自行拆解成了一個又一個部分，隨著地殼變動，被分散到了世界的各個地方。然而，它們并沒有失去聯系，反而同時被圓球之中的核心……也就是一個小小的魔方控制著。在那個核心的控制下，世界各地的部件開始工作。
核酸、蛋白質、糖類、脂質……
這些原本不存在于地球上的東西，開始被合成、創造出來，并投入到了大自然中。
生命，開始演化。
這個時代，史稱冥古宙，也叫早雨時代。
……
在宇宙中漫長的旅途、改造地球環境、創造生命的過程，消耗了核心巨量的能量。而地球上，并沒有合適的高級能量供它恢復，因此，它陷入了極其漫長的沉睡。
在這個過程中，它醒來過數次。
而它醒來的幾次，在后來的地質學研究中，都是劃分一個紀元的關鍵時期。太古宙、元古宙，然后漸入了古生代，開始了寒武紀……
它每一次醒來，都會對世界進行一定程度地改造。只是，它本身也是一個混沌的存在，甚至無法非常明白自己在做什么，改造世界、改造生命，它甚至不太明白自己是要創造出什么。
但隨著時間變遷，它沉睡的時間越來越短，意識也漸漸清明。
在確認了恐龍這種生物不是自己想要的正確進化方向后，它毀滅了恐龍，再次對世界進行了一次改造。這次改造的六千萬年后，也就是距今五百萬年前，它創造出了第一個類人猿。
之后，在類人猿完成直立行走、學會使用工具后，它短暫地完全醒來過，使用自己制造出的最早一個人類形體，教會了最早的人類使用火種的方法。同時，它踏上了在大地上的旅途。
這一次旅途并沒有持續很長時間，它便找到了自己想要的東西。
那是一種能量，一種在它漫長的改造過程中，由大自然中自然誕生的一種高級能量，能夠提供給生物主動快速進化的能力，被它稱為“元能”。只不過，這種元能的誕生十分偶然且脆弱，于是，它將這種元能帶走，回到了自己深埋大地中的本體里進行分析與研究。
這一研究，又持續了數百萬年。
在這個過程中，人類發展、緩慢進化。它在研究元能的過程中，也提供了一部分機會給人類，讓一個名為伏羲的人能夠接觸到自己的核心，從而探究到世界變化的規則。伏羲根據核心魔方紋路上的知識奧秘，創造了八卦，并探索到了極小一部分關于元能的使用方法。
后來，伏羲回到人族中，將八卦流傳了下來，并行走世間，終于發現了一種與元能有著異曲同工之妙的能量，稱為靈氣，這種靈氣不如元能高級，但勝在源源不斷，并存在于天地萬物間，只是不同地方靈氣的濃淡差異極大，于是伏羲利用從核心中研究到的東西，帶領人族踏上了修煉之途。
之后，伏羲死前告別了人族，回去只有自己知道的那個、接觸到核心的地方，從此死去。他消失的地方，也被人稱為伏羲墓。
后來的幾百萬年間，人類文明發展，有人不斷地利用靈氣修煉，但大部分的人都在無數次戰爭中遺失了修煉的知識。
當然，也有一部分生物誕生在靈氣濃烈的地方，逐漸成長為妖。
……
它的研究持續了很久很久，但是，就在馬上要破解元能的最終秘密之時，幾個強大的修仙者闖進了“伏羲墓”，也就是核心真實的本體中心，帶走了魔方核心。
然后，便是啟萬里所經歷的那一個驚魂之夜。
在接觸到啟萬里的血液之后，核心意識再次蘇醒，自名“暗元”。它驚訝地發現了世界上存在靈氣，而人類已經摒棄了自我進化的道路，開始研究科技發展。
但是……身為機械生命體的它，知道一件事。
純粹的科技之道，未來只有自我毀滅。
于是，它做了決定，再次改造世界。
不過，人類不錯，文明也不錯，可以留下一部分“資質”不錯的人類，不必將毀滅恐龍一樣將他們全部毀滅，否則重新演化一個種族，又需要數百萬年的時間。而它的元能，已經準備得差不多了，不再需要這么長的時間。
但是，那些最強大的修仙者和妖族，還是需要先行毀滅，這些生物雖然資質很好，但根據暗元的推演，他們已經逐漸誕生了超出這個世界本身的強大意志，如果不進行消滅，新文明將無法誕生。同時，他們身上存在大量的靈氣，正好可以回歸這部分占據了世界上大部分比例的靈氣，為重啟文明的本體作準備。
于是，在這一夜之間，暗元借助啟萬里的身體，殺光了幾乎每一個它認為應該毀滅的存在。
只留下少數修仙者，與少數中等實力的妖族藏了起來。
隨后，經過它的簡單計算，讓自己的本體完全準備好重啟文明，還需要幾天時間，于是，它抹去了自己的宿主啟萬里這一夜的記憶，讓他暫時回歸到了正常生活中。他在這一夜中接觸到的老于，也被暗元抹去了短暫的記憶，在他們的大腦中，這一夜是正常且平淡的。
這幾天里，殘余的修仙者與妖族以為暗元在大戰中失去了實力，于是壯著膽子想要找到它，將它誅殺。
但是在他們找到之前，世界末日便來臨了。
在啟萬里的妹妹啟千尋的婚禮中，他體內的暗元感應到了本體已經完全準備好，于是催動了本體，制造了巨大的地震，開始改造世界。同時，它向啟萬里發出邀請，請他奉自己為神，成為自己締造新文明的第一個使徒。
只不過，在啟萬里反應過來之前，離得最近的一個修仙者已經察覺到了它的存在，連忙趕到，憤怒地發起了攻擊，將啟萬里撞入面前的地縫中……
“原來是你啊，暗元。”
啟萬里已經完全醒來。
他此時正躺在海底最深處，海門市遺址的正中央，他的身下，正是一個巨大的藍黑色機械，看著像是一個大飛船，幾乎占據了整個海門遺址地面的空間。對于這個時代的人們來說，可能會將它當作與其它舊世界殘骸一樣的東西看待。
他的眼中，無數畫面閃過。
從四十億年前，到那一日跌入深淵。
然后，他眨了眨眼。
那些畫面全部從他的瞳孔中消失。
正好此時，暗元的聲音從金丹中傳了出來。
“你……怎么了……你看……到了什……么……”
它仍然留在金丹中，被金丹中的時間流速拖慢了思維速度。
啟萬里笑了笑，心中忽然無悲也無喜。
“我沒事，我只是想知道后面的事。”
他緩緩坐起，拾起了躺在身邊的帝海墨，隨后慢慢站了起來，抬起頭。
海面上，陽光投射進來，游魚經過，光影斑點晃動。
“你們如果都來了，為什么不現身呢？畢竟，我們在這么久以前就認識了。”他說道。
下一秒，四個身影突兀地出現在了四周，他們好像在這里已經站了很久很久，又好像是剛剛才到來。
武神、世界之樹、日月雙魚、深淵之主。
也是猴妖孫悟空、樹妖世界、魚妖陰陽、章魚妖。
“明白了嗎？”武神笑道：“為什么所有的答案都必須要你自己去尋找？”
“明白了。”
啟萬里手握帝海墨，問道：“那又怎么樣？和你們有什么關系？”
武神攤開雙手，笑著說道：“既然你已經知道了一切，那么……我們現在正式向你發出邀請，成為我們中的一員，與我們，共同瓜分暗元的權能。”