忙完關于征稅和修路的事務，李純又開始考慮關于機構改革的事情。李純認為，以前設置的六部和九寺五監等部門非常不合理，已經不適合現在的工作需要，有必要進行改革。
李純高度重視工商業，目前戶部主管戶口和財稅，跟商業沾邊，工部主管工程營造，屯田水利，跟工業沾邊，但是兩邊管的都不多，造成空檔，需要組建一個獨立的工商部，促進工商業的發展。
李純覺得，還需要成立一個新的部門，主管發明制造新東西、新機器，把幾個重要的事情干起來，比如修鐵路、修大橋，造兵船、造槍炮，可以組建科工部，負責科技和軍工事業。
對外工作也是李純非常重視的事項，目前鴻臚寺的工作太簡單，沒有發揮到應有的職責，簡直就是一個使臣接待處，必須進行重組，除了管使臣之外，還要把情報搜集和對外貿易管起來。
教育也是李純想重點推進的事業，目前禮部管著禮儀活動和教育，但是禮部只管科舉部分，對促進教育做的不多，需要成立一個專門的教育部，全面提高唐朝百姓的教育水平。
李純認為，六部還算發揮較大的作用，所謂的九寺五監，吃閑飯的太多，比如鴻臚寺、光祿寺、少府監之類，李純都覺得沒啥存在的必要。該有的部門沒有設，不該有的部門存在著，有必要重新整合，
突然，李純想起回到長安以后，交代給艾笛聲關于蒸汽機的事情，還不知道結果如何，當即讓人把艾笛聲召進宮里。
艾笛聲進宮行完禮后，李純直接問道：“你最近在做什么，蒸汽機的事情進展的怎么樣？”
艾笛聲答道：“微臣一直在思考怎么改進陛下的那個蒸汽機，想著還能用它干其他什么活？”
李純道：“朕讓你做的那個蒸汽機舂米肯定虧了，那個蒸汽機，氣密性也不好，動力不夠大。你的那個織布機不錯，可以讓人仿制，然后賣給織工用。后面你要集中力量把蒸汽機搞得更大、更好用，朕想用它來拉大車，拉的人多，跑的快。”
艾笛聲說：“陛下這個主意好，它可以吹動葉輪，就可以再連上輪子，完全可以拉動大車，只是目前的道路都是土路，怕是不好走。”
李純糾正道：“要修鐵路，就是在路上鋪上鐵做的軌道，這樣才能走大車，蒸汽機要燒火，大車就叫火車。”
艾笛聲說：“又是火車，又是鐵路，微臣覺得這事大有前途，臣愿意幫著陛下研究。”
李純對他的態度非常滿意，說道：“朕思來想去，決定成立一個科工部，主管兵器和機器制造，專門用來設計制造一些重要的物件，比如火器、火車、混凝土之類的東西。”
艾笛聲問：“陛下，混凝土又是什么東西？”
李純道：“現在的道路都是土路，一下雨就是泥濘，混凝土不怕雨，遇到水還是硬的，行車走人很方便，用來修橋建房也很好，是重要的建筑材料。”
艾笛聲說：“陛下的想法可真多，都要一起干嗎”
李純道：“朕的想法比這多多了，只是這幾個比較重要，要先搞。新成立的科工部，專門負責軍隊需要的兵器、火器和民用重要的物件制造，朕打算把你調過去，集中精力搞那個蒸汽機火車和鐵路事宜，再找一個對建筑材料有研究的，去負責混凝土的事。”
艾笛聲說：“微臣一直喜歡研究物件，能給朝廷作出貢獻，是微臣的夙愿，微臣愿意過去。微臣知道工部司的員外郎潘興法，懂燒制磚瓦、石灰的技術，也喜歡研究建筑，斗膽建議讓他來做研究混凝土的事。”
李純道：“這樣吧，可以在科工部成立交通司，由你做郎中，成立建筑司，可以由潘興法任郎中，朕后面和幾個大臣商議一下，過幾天就定下來。”
艾笛聲跪下拜道：“微臣代潘興法，叩謝陛下圣恩。”
兩日后，經過考慮一番，李純覺得必須要推進機構改革的事，在宣政殿召集李吉甫、裴垍、李藩、李巽、權德輿、程異、范希朝等大臣議事。
李純道：“近日來，朕考慮了很多事要做，但是目前設置的部門不合理，有的部門，比如工部、兵部、戶部忙的不可開交，有的部門沒事干，什么光祿寺就為了保障朕吃飯，朕吃飯很簡單，宮里做就足夠了。搞個將作監就是為了給皇家制作一些稀奇玩意，朕不需要，鴻臚寺就是接待幾個使臣，太浪費了。朕準備搞一次大動作，把各部重新設立一下，各位愛卿有什么意見？”
李吉甫首先發言：“六部九寺五監一臺的設置，是從隋朝就開始設定的，我大唐沿用至今，六部會忙一些，其他有的部門確實不太忙，有的也是為了安置一些老臣。”
李純道：“現在朝廷要干的事太多，以前的部門設置維持不下去了，需要合并重組，朕也不想砸人的飯碗，但是重要的位置要騰出來。”
裴垍說：“不知陛下打算如何調整？”
李純道：“朕上前面讓兵部搞了一個制作火器的工場，以后朕要大規模推廣火器，上次搞了一次發明大會，還有很多重要的東西需要制作出來，朕打算成立一個科工部，統一制造重要的火器、戰船、機器等東西，朝廷需要什么東西，朕有什么想法，就直接由科工部來承辦。朕的打算是把軍器監和匠作監合并，建立新的科工部。”
李吉甫說：“這個想法很好，不知陛下有沒有想好人選？”
李純道：“這個部很重要，別人去朕也不放心，就由李絳來做尚書，范希朝會打仗，前面也立了大功，朕計劃改兵部為軍事部，升范希朝為軍事部尚書。
科工部這邊，軍器監和將作監正監分任科工部左右侍郎，科工部設四個司，一是火器司，由郭云任郎中，以后全權負責軍隊的火器制作，要制作一批威力更強的火器。二是戰船司，主要制造軍隊用的戰船，平東軍、平海軍、平南軍，以后都是用來水戰、登陸的部隊，還沒有像樣的戰船，戰船司先負責監造一批戰船，配上火器，要有防御功能，機動性好，可由李絳從懂水戰和造船的官員里挑一個人當郎中。
第三個是交通司，目前的主要任務就是造鐵路和火車，由艾笛聲任郎中，以后可以再拓展其他交通上的業務。第四個是建筑司，主要負責制作新式建筑材料，目前主要是研究水泥混凝土，以后可以用新材料搞建設，郎中由艾笛聲推薦的潘興法擔任。”
聽李純一口氣講了那么多，大家都有點理解消化不了，不過大概意思基本了解，具體的職能只能待成立機構后再逐步溝通明確。
李吉甫說：“陛下這下可是大動作，以后要打大仗、干大事呀。”
李純道：“國內是安定了，但是邊疆的威脅還沒消除，后面等條件允許了，朝廷肯定要大規模的對外用兵，第一個就要收拾吐蕃。李藩負責的修路事宜怎么樣了？”
李藩答道：“長安到潼關一線拓寬平整了一下，現在冬季太冷，潼關往東部分要到明年春天再干。”
李純道：“鐵路和火車的制造沒那么快，目前重點先抓好普通道路建設，修好長安到洛陽的路以后，再向東延長到汴州，再向東南延長到新都夏原，建設一條寬闊平整的大道，連接兩京。這條路主要經過河南道，你跟新任河南道布政使王涯對接一下，讓他全力搞好配合。”
李藩說：“臣定當不負陛下重托，爭取早日修通長安到夏原的道路。”
李純繼續說：“說完科工部，朕還計劃在鴻臚寺和光祿寺的基礎上組建外事部，不要光搞迎來送往那一套，除了外事接待，還要派人到周邊各國收集情報，策反對方的官員將領，測繪外國的地圖，為我們對外用兵提供全面的依據，另外把對外貿易也全部管起來。”
裴垍說：“陛下又是一個大手筆，看來要用外事部全面負責對外的事務，不知人選怎么定？”
李純道：“人選朕想好了，元稹這個人腦瓜聰明，適合干外事工作，就由他來干尚書，原來的鴻臚寺和光祿寺正卿，分任外事部左右侍郎。”
范希朝說：“剛才陛下說要對外用兵，并委以臣重任，臣感激涕零，不知陛下對軍事工作有什么安排？”
李純道：“以后經濟和軍事將是兩個重點工作，一個富民，一個強兵，朕準備明年再休養一年，準備更充分一些，后年，也就是元和七年，開始對外用兵，以后火器和戰船制造的事就交給科工部，軍事部聚焦打仗，全面進行對外作戰的各項籌劃和準備。”
范希朝說：“臣謹遵圣意，臣推薦韓泰接任兵部侍郎一職，推薦田弘正接任平東軍統領。”
李純道：“這兩個人朕都了解，還不錯，準奏。李巽、程異，朕讓你們過來，是想著要建立工商部的事。促進發展經濟，民政和財稅還由戶部掌管，工商部擔起促進全國工商業發展的重任。
戶部仍由李巽任尚書，工商部就由程異任尚書，工商部就在太府寺和少府監的基礎上組建，原太府寺正卿和少府監正監，分任工商部左右侍郎。
工商部設四個司，一是監管司，主要是維護市場秩序，對強賣強買或者制作、出售假貨的情況進行打擊，保護百姓的權益；二是商業司，想辦法促進商業發展；三是工業司，想辦法促進手工業、采礦業的發展；四是統計司，主要對經濟運行的情況和各種相關數據進行統計。”
程異連忙拜謝李純，并問道：“以后工商部和戶部部的權限如何界定，人選如何配備？
李純道：“以后工商部負責工商業的管理和促進，戶部只管收稅事項，至于工商部的人選，由你和兩個侍郎先商議，中書省也可以留意合適人選。而且不僅朝廷設工商部，各道、州、縣也要設立相應機構，把工商業的發展，作為考核地方政績的重要方面。”
李巽說：“陛下這樣區分也好，以后我們戶部就主要管戶口、稅收和財政，新成立的工商部可以集中力量發展工商業。”
李純說：“朕還想成立一個教育部，從禮部獨立出來，專門負責教育事業”
權德輿說：“目前太常寺負責很多具體的禮儀事項，禮部可以重點負責教育方面的事，臣有信心辦好教育，不必另外再成立教育部。”
李純道：“既然你有信心搞好教育，朕就暫時不組建教育部，如果禮部抓的不好，朕后面還是要改一下。”
裴垍說：“如此大規模調整人員，有些官員會不會有反彈，臣建議先成立三個部，如果進展順利再組建其他的部。”
李吉甫說：“陛下機構改革的設想很好，但是動作比較大，有些臣子未必理解，臣建議征詢一下相關人員的意見。”
李純想想也是，為了穩妥起見，先由中書省按照李純的機構調整意見，找一些相關的大臣談話，聽取他們的想法，然后再結合意見情況進行適當修正。
不談不知道，一談嚇一跳，沒想到李純新成立三部，撤銷三寺三監的想法，遇到了巨大的阻力。
原來三寺三監的正職，統統被改為三個部的副職，其他中層人員對新的崗位也很不滿，對于一些舒服慣了的官員，驟然添加這么多新任務，也是態度消極。
軍器監正監林文禮與匠作監正監肖時新，將被改為科工部侍郎，由正職改為副職，雖然原來的品級待遇沒變，但是權力縮水了很多，本來就郁悶氣惱，沒想到一看中層人員的設置，更加生氣了。
科工部四個司，火器司由郭云任郎中，交通司由艾笛聲任郎中。建筑司由潘興法任郎中，戰船司郎中，李絳又打算讓水軍將領顏瑋來做。
這就意味著四個司的郎中位置都定了，兩個監原來的少監和其他中層干部沒有了合適崗位，很多只能降級使用，軍器監和匠作監的官員一個個義憤填膺，在兩個正監的鼓動下，要找中書省討說法。
鴻臚寺和光祿寺的官員也是意見紛紛，兩個正職降為副職不說，工作職能改的幅度也很大，鴻臚寺原來負責接待外邦使臣、光祿寺原來負責皇帝膳食，都是比較輕松舒服的單位。
突然要搞什么收集情報、測繪地圖、管理貿易等其他工作，很多人完全不懂，一頭懵逼，紛紛向中書省反映，新的工作干不了，請求調整適合自己的崗位。
太府寺和少府監也是議論紛紛，不僅降職使用，而且職能也改了很多，都要從頭學起，有些老資格的官員完全沒了學習動力，本打算混吃混喝到退休，突然來個大調整，很多人表示無法適應。
不得已，中書省只能找各寺監談話，希望能夠說服他們，但是很多官員的意見很大，也很尖銳。